Avant que les mutants n'aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n'étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs pour la première fois. Avant de devenir les pires ennemis, ils étaient encore amis, et travaillaient avec d'autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l'Armageddon. Au cours de cette opération, le conflit naissant entre les deux hommes s'accentua, et la guerre éternelle entre la Confrérie de Magneto et les X-Men du Professeur X éclata?
X-Men : le commencement nous entraîne aux origines de la saga X-Men, révélant une histoire secrète autour des événements majeurs du XXe siècle.
Wesley Gibson a toutes les raisons du monde d'être malheureux. Tyrannisé par son patron, malmené par ses collègues de bureau, trompé et humilié par sa petite amie, ce jeune loser victime d'angoisses récurrentes, ne survit qu'à coup de tranquillisants et de plateaux repas macrobiotiques. Dur à vingt-cinq ans...
C'est alors qu'une fille de rêve fait irruption dans sa triste vie. Fox est une tueuse d'élite, affiliée à une secte ultrasecrète : la Fraternité, dont les membres se sont érigés en instruments du Destin. Leur devise séculaire : Un homme de tué, mille hommes de sauvés...
L'heure est venue pour Wes de prendre la suite de son père et de découvrir en lui-même des ressources, une soif de violence, des réflexes et des aptitudes insoupçonnés. Sous la tutelle du mystérieux et charismatique Sloan et de Fox, Wes commence un entraînement rigoureux qui va faire de lui le meilleur assassin de la Fraternité.
Devenu le favori de la secte, Wes a aussi la tardive satisfaction se venger de ses anciens tourmenteurs. Mais l'ivresse du pouvoir n'a qu'un temps ; bientôt, il devra apprendre ce que nul ne peut lui enseigner : tracer sa propre voie et contrôler sa destinée...